东京的平静再次被一起极其恶劣且令人震惊的案件打破——一系列砍掉男性生殖器的伤人案在城市中接连发生。这些案件迅速成为街头巷尾热议的话题，整个城市被一层恐惧的阴霾所笼罩，尤其是男性市民，人人自危。
毛利小五郎的侦探事务所自然也接到了警方的协助邀请，柯南、小兰和工藤悠子一同参与到案件的调查之中。他们首先来到最新一起案件的医院，受害者刚刚做完紧急手术，生命体征暂时平稳，但整个人因遭受巨大创伤而显得极为虚弱和惊恐。
“您能回忆一下当时的情况吗？”毛利小五郎轻声询问受害者，试图不刺激到他。
受害者颤抖着声音说道：“我……我当时走在回家的小巷子里，突然感觉背后有人。还没等我反应过来，就被一个人用什么东西捂住了口鼻，然后眼前一黑就昏过去了。等我醒来，就己经在这儿了……”
柯南在一旁仔细观察着受害者的神情和状态，他注意到受害者的描述似乎遗漏了一些关键细节。“您醒来的时候，周围有没有什么特别的东西？比如奇怪的声音、气味，或者看到袭击者的穿着、身形之类的？”柯南追问道。
受害者痛苦地摇了摇头：“我……我真的记不太清了，当时脑袋很晕，只感觉到下身一阵剧痛。”
离开医院后，众人来到案发现场——一条昏暗狭窄的小巷。小巷两侧的墙壁上布满了各种涂鸦，地面坑洼不平。柯南蹲下身，在地面上发现了一些奇怪的脚印，这些脚印似乎是一种特制鞋子留下的，鞋底有着独特的花纹。
“这些脚印可能是关键线索，看起来不像是普通鞋子留下的。”柯南说道。
工藤悠子则在附近的垃圾桶里找到了一块带有血迹的布条，布条上还绣着一个小小的字母“M”。
“这个布条也许和袭击者有关，上面的字母说不定是某个重要的标识。”悠子推测道。
毛利小五郎摸着下巴思考着：“看来这个凶手很谨慎，作案后还试图清理现场，但还是留下了这些蛛丝马迹。”
随着调查的深入，他们发现这几起案件的受害者之间似乎有着某种微妙的联系。通过对受害者的社会关系进行梳理，柯南发现他们都曾在同一家酒吧消费过。
“也许凶手是在酒吧里挑选作案目标的。”小兰提出了自己的看法。
于是，众人来到这家酒吧展开调查。酒吧老板回忆说，近期有一个戴着黑色帽子、总是穿着黑色风衣的神秘女子频繁光顾酒吧，她很少说话，只是静静地坐在角落里观察着周围的人。
“这个神秘女子很可疑，我们得找到她。”毛利小五郎说道。
警方根据酒吧老板提供的线索，在全市范围内展开排查。终于，在一个偏僻的出租屋里找到了这名神秘女子。当警方破门而入时，发现屋里摆满了各种与女权主义极端思想相关的书籍和海报。
面对警方的质问，神秘女子疯狂地大笑起来：“那些男人都是罪人！他们在生活中对女性充满了歧视和伤害，我只是在替天行道！”原来，这名女子曾在生活中遭受过男性的严重伤害，从此心理扭曲，产生了极端的女权主义思想，策划了这一系列令人发指的伤人案件。
随着神秘女子的落网，这起令人震惊的砍掉男性生殖器伤人案终于告破，但案件背后所反映出的社会问题和人性扭曲，却让柯南、毛利小五郎等人陷入了深深的思考。
