经历了毛利小五郎名誉风波后，东京又恢复了往日的喧嚣。然而，一则惊悚的传闻打破了这份平静——在东京郊外的一座古老宅邸中，出现了幽灵杀人的事件。据说每到深夜，宅邸中就会传出凄惨的哭声和诡异的声响，随后便有人离奇死亡。这则传闻吸引了众多好奇者的目光，也引起了毛利小五郎、柯南、小兰和工藤悠子的注意。
毛利小五郎听闻此事后，眼中闪过兴奋的光芒：“哼，幽灵杀人？这世上哪有什么幽灵，一定是有人故弄玄虚。这次我一定要揭开真相，让大家看看我毛利小五郎的厉害。”
于是，一行人来到了这座古老宅邸。宅邸看上去阴森破败，墙壁上爬满了青苔，窗户玻璃破碎不堪，在风中发出“嘎吱嘎吱”的声响，仿佛在诉说着不为人知的故事。
他们刚踏入宅邸，一股陈旧腐朽的气味扑面而来。小兰不禁打了个寒颤：“爸爸，这里感觉好阴森啊，真的有幽灵吗？”
柯南拍了拍小兰的手安慰道：“小兰姐姐，别害怕，这世上肯定没有幽灵，一定是有人在装神弄鬼。”
工藤悠子则仔细观察着周围的环境，她发现宅邸的大门上有一些奇怪的符号，像是某种神秘的标记。“这些符号看起来很特别，说不定和案件有什么关联。”悠子说道。
众人小心翼翼地在宅邸中探索，突然，从楼上传来一阵凄惨的哭声。毛利小五郎虽然心中也有些害怕，但还是强装镇定地说：“大家别怕，跟我上去看看。”
他们顺着楼梯来到二楼，哭声似乎是从一间紧闭的房间里传来的。毛利小五郎深吸一口气，猛地推开房门，房间里弥漫着一股刺鼻的气味，一张破旧的床上躺着一具尸体，死者表情惊恐，仿佛生前看到了极其恐怖的景象。
柯南立刻上前查看尸体，发现死者身上没有明显的外伤，但脸色发紫，似乎是中毒而死。“看来死者是被人下毒杀害的，并不是什么幽灵作祟。”柯南说道。
工藤悠子在房间的角落里发现了一个小瓶子，里面残留着一些液体。“这可能就是毒药，我们得交给警方化验。”悠子说道。
就在这时，窗外闪过一个白色的身影，速度极快，仿佛真的是幽灵一般。小兰吓得尖叫起来：“啊，幽灵！”
柯南和悠子对视一眼，迅速追了出去。然而，当他们来到外面时，只看到雪地上有一串脚印，脚印通向宅邸的后院。
他们沿着脚印来到后院，在后院的一间柴房里，发现了一个衣衫褴褛的老人。老人看到他们，眼中充满了恐惧，嘴里念叨着：“幽灵，幽灵来了，是幽灵杀了他们……”
毛利小五郎上前问道：“老人家，你别害怕，我们是来调查真相的。你能告诉我们这里到底发生了什么吗？”
老人颤抖着讲述了一段尘封的往事。原来，这座宅邸曾经的主人是一个邪恶的炼金术士，他为了追求永生，进行了一系列残忍的实验，害死了许多人。那些死者的冤魂一首徘徊在宅邸中，每当有人闯入，就会被幽灵索命。
柯南却不相信这种说法，他继续在柴房里寻找线索。在柴房的角落里，他发现了一些关于炼金术的书籍和一些奇怪的实验器具。
“我想我知道是怎么回事了。”柯南说道，“这些所谓的幽灵杀人，其实都是人为的。有人利用了大家对幽灵的恐惧，在这里进行一些不为人知的勾当。”
经过进一步的调查，他们发现这个老人就是当年炼金术士的助手。多年来，他一首生活在宅邸附近，守护着这里的秘密。而最近发生的几起死亡事件，都是一个对炼金术痴迷的年轻人所为。这个年轻人听闻了宅邸的传说，想要找到炼金术士的永生秘诀，于是在这里装神弄鬼，杀害了那些闯入宅邸的人。
最终，在柯南和悠子的努力下，真相大白，那个装神弄鬼的年轻人被警方逮捕。毛利小五郎再次成功解决了一起看似离奇的案件，而这座古老宅邸的幽灵传说，也终于画上了句号。
