米花监狱，这座向来以森严戒备著称的地方，近日却发生了一起令人震惊的命案。一名囚犯在狱中离奇死亡，死状诡异，给这座本就压抑的监狱蒙上了一层更加阴森的阴影。
死者名叫山口，是一名因抢劫罪入狱的罪犯，入狱还不到一年。据狱警描述，山口平时在狱中表现较为老实，没有参与过严重的违规行为或与其他囚犯发生激烈冲突。发现山口死亡的是与他同牢房的铃木。清晨点名时，铃木惊恐地发现山口一动不动地躺在自己的床上，脸色惨白，早己没了气息。
监狱方面迅速封锁了现场，并通知了警方。毛利小五郎和柯南接到消息后，第一时间赶到了米花监狱。在山口的牢房里，柯南仔细勘查着每一个角落。他发现山口的颈部有一道细细的勒痕，像是被某种纤细却坚韧的物体勒死。在床铺周围，没有发现明显的打斗痕迹，但在枕头下，柯南找到了一张写有奇怪符号的纸条，符号像是用尖锐的物品匆忙刻上去的，歪歪扭扭，难以辨认。
小五郎皱着眉头，看着纸条说：“这符号看起来像是某种暗号，难道这起命案和监狱里的帮派有关？”
监狱长在一旁介绍道：“我们监狱一首严格管理，尽量避免帮派势力滋生，但难免还是会有一些小团体存在。山口所在的牢房区，之前确实有过一些小摩擦，但都被我们及时平息了。”
柯南询问铃木发现山口死亡时的具体情况。铃木显得十分紧张，结结巴巴地说：“我……我一觉醒来，就看到他那样了。我……我什么都不知道啊。”但柯南敏锐地察觉到，铃木的眼神中透露出一丝异样的慌张。
警方开始对同牢房以及相邻牢房的囚犯进行逐一询问。在询问过程中，一名叫田中，因盗窃入狱的囚犯引起了柯南的注意。田中声称案发当晚，他听到山口的牢房里传来一阵轻微的挣扎声，但他以为是两人在打闹，所以没有在意。
柯南心中一动，再次仔细查看山口颈部的勒痕，发现勒痕的方向和力度表明，凶手很可能是从背后偷袭山口。结合田中提供的线索，柯南推测凶手应该是熟悉牢房环境，且能够在不引起山口警觉的情况下接近他。
与此同时，小五郎对那张奇怪符号的纸条展开调查，他通过向其他囚犯打听，得知这个符号可能与监狱里一个秘密的赌博组织有关。据说这个组织在狱中私下组织赌博活动，用一些特殊的符号来传递信息。
难道山口的死与这个赌博组织有关？是因为他知道了组织的秘密而被灭口，还是另有隐情？铃木和田中在这起案件中究竟扮演着怎样的角色？柯南和小五郎在这座充满秘密和谎言的监狱里，能否揭开真相，让凶手伏法？一切都还是谜团，等待着他们去解开。
柯南和小五郎围绕着赌博组织这条线索继续深入调查。他们从一些与山口关系较近的囚犯口中得知，山口最近似乎对赌博组织的运作表现出异常的兴趣，甚至还私下向其他囚犯打听组织的核心成员。
小五郎摸着下巴推测道：“这么看来，山口很可能是因为触及到了赌博组织的敏感信息，才招来杀身之祸。也许他发现了什么对组织不利的事情，想要以此要挟，结果被组织察觉，惨遭灭口。”
柯南点头表示认同，同时补充道：“叔叔，还有一点很可疑。铃木作为同牢房的人，案发时却声称什么都不知道，而且表现得过于紧张，他很可能在隐瞒一些重要信息。说不定他和赌博组织也有牵连。”
两人决定再次对铃木进行深入审讯。这一次，柯南改变了策略，他没有首接质问铃木，而是从一些看似无关紧要的日常琐事问起，逐渐放松铃木的警惕。
在闲聊中，柯南不经意地提到了监狱里的赌博活动。铃木的眼神瞬间闪过一丝慌乱，虽然他极力掩饰，但还是被柯南捕捉到了。
柯南趁热打铁：“铃木，其实你早就知道监狱里有赌博组织，对不对？山口的死，和这个组织脱不了干系，而你，也一定知道些什么。现在坦白，对你会比较有利。”
铃木的心理防线开始动摇，他犹豫了片刻，终于开口说道：“我……我确实知道一些。山口前段时间发现了赌博组织在利用新来的一批生活用品进行赌资转移。他觉得这是个机会，可以从组织那里捞一笔钱。我劝过他不要这么做，太危险了，可他不听。”
小五郎紧追问道：“那你知道是谁杀了山口吗？”
铃木低下头，小声说：“我不知道具体是谁，但我听到山口和一个人在牢房外争吵，那个人好像是赌博组织的二把手，叫龙哥。他警告山口不要多管闲事，否则不会有好下场。”
柯南和小五郎立刻将这一重要线索告知监狱方，并在监狱长的协助下，开始排查这个被称为“龙哥”的人。经过一番查找，他们锁定了一名叫泷川的囚犯，此人正是山口同牢房区的，平时在狱中就以凶狠霸道著称，有不少囚犯都对他忌惮三分。
然而，当警方准备对泷川进行审讯时，却发现他在自己的牢房里突然昏迷不醒。狱医检查后表示，泷川像是中了某种毒药，生命垂危。
柯南看着昏迷的泷川，心中疑云更重。这难道是赌博组织为了灭口，故意对泷川下毒？还是另有其人在背后操控这一切，试图混淆警方的视线？案件变得愈发复杂，柯南和小五郎必须争分夺秒，在更多线索消失之前，解开这重重谜团，找出真正的凶手，还原监狱杀人案的真相。
柯南看着昏迷的泷川，意识到必须尽快找出下毒之人，否则这起案件的关键线索可能就此中断。他仔细检查泷川的牢房，在床边发现了一小片沾有粉末的纸张碎片。柯南小心地将碎片收起，交给随行的警方技术人员进行化验。
与此同时，小五郎对泷川身边的狱友展开询问，试图找出在泷川昏迷前与他接触过的人。经过一番排查，一名叫川崎的囚犯进入了他们的视线。据其他囚犯反映，川崎在泷川昏迷前曾去过他的牢房，而且行为鬼鬼祟祟。
柯南和小五郎立刻提审川崎。面对两人的质问，川崎一开始还矢口否认与泷川的昏迷有任何关系。但当柯南拿出在泷川牢房发现的纸张碎片，并表示化验结果很快就能证明一切时，川崎的心理防线终于崩溃。
川崎颤抖着交代，他确实是受赌博组织老大的指使给泷川下毒。原来，赌博组织得知山口的死引发了警方的深入调查，担心泷川会供出组织的秘密，于是决定杀人灭口。川崎按照老大的指示，将毒药混在泷川的食物里，导致泷川昏迷。
就在这时，技术人员传来消息，纸张碎片上的粉末正是导致泷川中毒的毒药成分，这进一步证实了川崎的供词。
但柯南并没有就此满足，他觉得事情并没有那么简单。如果只是为了灭口，为何不在山口死后就立刻对泷川下手，反而要等到警方开始怀疑泷川时才行动？
柯南重新梳理整个案件，突然意识到一个关键问题。他再次回到山口的牢房，仔细查看那张写有奇怪符号的纸条。这一次，他发现符号的排列方式与监狱的作息时间表有某种微妙的对应关系。
经过一番推算，柯南终于明白了符号的真正含义。原来，山口发现的并非仅仅是赌资转移的秘密，而是赌博组织与监狱外势力勾结，计划在某个特定时间越狱的阴谋。山口写的纸条，其实是他自己对这个阴谋的记录和分析。
赌博组织察觉到山口发现了越狱计划，所以先下手为强将他杀害。而当警方调查到泷川时，组织担心泷川泄露越狱计划，才指使川崎下毒灭口。
柯南将自己的推理告诉了小五郎和监狱长。监狱长得知后，立刻组织警力对赌博组织的其他成员进行全面抓捕，并加强了监狱的安保措施，防止越狱事件发生。
在警方的全力打击下，赌博组织的成员纷纷落网，越狱阴谋也被成功挫败。随着真相大白，米花监狱的这起杀人案件终于得到解决，监狱也恢复了往日的平静。柯南和小五郎凭借着敏锐的观察力和严谨的推理能力，再次成功破解了一起复杂的案件，维护了法律的尊严和社会的安宁。
