在米花町，警察一首是维护治安的坚实力量，然而，一系列令人震惊的事件却打破了这份平静与信任。接连有警察在执行任务或日常生活中惨遭杀害，整个警界陷入了恐慌，米花町的民众也人心惶惶。
第一位遇害的是年轻的警员小林。他在一次夜间巡逻时，在一条偏僻的小巷里被人从背后袭击。凶手用一把利刃精准地刺中他的要害，小林甚至来不及发出求救信号就倒在了血泊中。当同事发现他时，小林己经牺牲，现场没有留下任何明显的线索，只有凶手匆匆离去时掉落的一个黑色布条。
紧接着，经验丰富的老警员山本也遭遇不测。他在下班途中，车子突然爆炸。巨大的冲击力将山本的车掀翻，他当场死亡。警方调查发现，炸弹被巧妙地安装在汽车底盘，凶手对爆炸物的使用非常熟练，而且选择的时机恰到好处，显然是经过精心策划。
这两起案件引起了警界的高度重视，目暮警官亲自负责调查，毛利小五郎和柯南也受邀协助。柯南仔细查看了小林遇害现场找到的黑色布条，发现布条材质特殊，似乎是某种工作服的一部分。而且布条边缘有精细的锁边，不像是随意撕扯下来的，更像是被特意裁剪。
“目暮警官，从这个布条来看，凶手可能从事某种需要统一着装的工作，而且对服装细节要求较高。”柯南说道。
小五郎摸着下巴补充道：“再加上山本警员车上炸弹的专业性，凶手很可能有相关的技术背景，也许是退伍军人或者专业的爆破人员。”
警方开始排查近期有过异常行为的退伍军人和掌握爆破技术的人员，同时对与两位遇害警察有过接触的人也展开了详细调查。然而，几天过去了，调查并没有取得实质性进展。
就在这时，第三位警察——交通警员佐藤在指挥交通时，被一辆突然失控的汽车冲撞。佐藤被撞飞数米远，当场昏迷，送往医院后不久便因伤势过重死亡。这一次，现场留下了一个奇怪的符号，像是用红色油漆匆忙画在地上的一个扭曲的三角形。
“这个符号是什么意思？难道是凶手故意留下的某种标记？”柯南盯着地上的符号陷入沉思。
警方加大了调查力度，对佐藤生前处理过的交通违规案件逐一排查，希望能从中找到凶手的动机。柯南则从符号入手，通过网络和图书馆查阅各种资料，试图找出符号背后隐藏的信息。在这个过程中，他们发现了一些看似无关却又隐隐相连的线索，这些线索指向了一个神秘的组织。但这个组织究竟为何对警察下手？他们又有着怎样不可告人的目的？柯南、小五郎和警方能否在凶手再次作案前将其绳之以法，恢复米花町的安宁与警察的尊严？一切都还是未知数，而笼罩在米花町上空的阴云也愈发浓重。
柯南全身心投入对神秘符号的研究，经过大量资料检索和分析，他发现这个扭曲的三角形符号与一个多年前被解散的极端反警组织“暗黑正义会”有关。这个组织曾宣扬警察是社会不公的维护者，企图通过暴力手段颠覆警察体系。虽然后来被警方捣毁，但仍有部分成员下落不明。
小五郎和警方根据柯南的发现，迅速将调查重点转向与“暗黑正义会”有关的人员。经过一番艰苦排查，他们锁定了一个名叫石井的男子。石井曾是“暗黑正义会”的骨干成员，在组织被捣毁后隐姓埋名。警方调查发现，石井近期频繁与一些身份不明的人联系，行为十分可疑。
就在警方准备对石井实施抓捕时，又一起悲剧发生了。一位负责案件调查的便衣警察在跟踪可疑人员时，在一个废弃工厂附近失踪。当警方找到他时，他己经遇害，死状与之前的警察相似，身旁同样画着那个扭曲的三角形符号。
这起案件让警方意识到，凶手察觉到了危险，可能会加快作案节奏或者潜逃。柯南、小五郎和目暮警官决定兵分三路，一路继续监视石井，一路深入调查“暗黑正义会”残留势力的线索，柯南则回到之前几起案件的现场，试图寻找被遗漏的关键证据。
在小林警员遇害的小巷，柯南再次仔细勘查。他注意到小巷墙壁上有一个极其隐蔽的摄像头，位置很刁钻，不仔细看根本发现不了。柯南推测这可能是凶手安装用来观察警察巡逻路线的。通过技术手段，警方获取了摄像头的存储数据，发现其中有石井出现在附近的画面，而且时间与小林遇害时间相近。
有了这一重要证据，警方迅速对石井展开抓捕行动。在石井藏身的破旧公寓里，警方与石井及其同伙展开了激烈搏斗。石井负隅顽抗，他疯狂地喊道：“你们这些警察，都是压迫人民的工具，我们只是在替天行道！”
经过一番激战，警方成功制服石井等人。在审讯室里，石井交代了犯罪事实。原来，他一首对当年“暗黑正义会”被捣毁一事怀恨在心，发誓要报复警察。他召集了一些同样对警察心怀不满的人，策划了这一系列连续杀人事件，企图制造恐慌，引发民众对警察的不信任。
随着石井等人被依法严惩，这起震动米花町的连续警察杀人事件终于画上了句号。警界的士气逐渐恢复，米花町的民众也重新感受到了安宁。柯南和小五郎在案件中的出色表现，再次赢得了众人的赞誉，而他们也将继续守护这座城市的和平与正义。
