早在哥斯拉对战碧奥兰蒂的那段时间当中，因为有三位敢死队成员奉命执行给哥斯拉注入噬核细菌任务的过程当中，有一位成员爬上高楼给哥斯拉口腔当中来了一发细菌，虽然成功了，但是自已也被哥斯拉一巴掌连同那个楼房一起摧毁，而那个成员正是现今新城最好的朋友，朋友的死亡让结城对于哥斯拉的怨念，尤其是那只胖的很是深刻，那只瘦的，到时候也是顺带宰了的对象。
在这之后，权藤博士通过研究不知道是从哪里提取的太空哥斯拉细胞，和那边的红色怪人秘密进行另外一个秘密实验所一直催促暂时拿走一下哥斯拉细胞之后，在会议上面推理出了太空哥斯拉的诞生有两种可能性:
之前死亡化为金色粒子飞升到宇宙当中的碧奥兰蒂，前往宇宙拦截陨石的魔斯拉，可最后整场会议依然没能给出战胜太空哥斯拉的方法，看起来所有的希望又放在了那两只跑到海里面的哥斯拉身上，或者是正在大修特修的摩杰拉。
会议结束回到基地，麻生长官将结城提拔成为摩杰拉的主要驾驶员之一，大久保博士就是因为T计划失败而被排除出高层会议，只能一个人坐在自已的办公室里面看着屏幕思考对策，看着电脑，眼中露出了一丝阴险，一个有点疯狂的计划也从脑海当中滋生出来。
在岛屿上，T计划因为从天而降的太空哥斯拉突然入侵宣告失败，本来计划是全员撤退的，但三枝因为担心被封印在结晶当中的利多尔决定暂时在这个岛屿上，新城和佐藤两个大男人自愿当做保镖也留下来，最终，就只有结城回到樱花岛上，然后去基地被麻生长官提拔为摩杰拉驾驶员。
巴斯岛上，提到保镖，那么众所周知，保镖所保护的任何东西就没有安全过，一直都有其他不稳定因素突然出现。
这边也是，平稳过了两天之后的晚上，岛屿一角上面安定下来的哥罗龙一家正在海边捕鱼，听到了奇怪的声音，然后疑惑的看着海面上疾驰而过的一艘人类船只，五个龙头疑惑的往那边同时看，然后又同时转过头，继续盯着海里面的鱼。
新城和佐藤似乎是听到有声音，赶紧从床上坐起来，拿起枪向着外面走过去，然后看到了不远处那个机械哥斯拉的头的灯依然在一闪一闪的，并且其中好像还传来有东西碰撞金属的声音，相互点了点头，互相背对背的向着那边走去。
几个黑影看着那两个人向机械哥斯拉那边走过去了，相互用手势交流了一下，然后便径直进入帐篷，几个人分别固定住三枝的手，捂住嘴巴就向停留在树林当中的快艇跑过去，一边跑一边观察那边那两个人的情况，等到新城和佐藤一边相互开着玩笑一边回来的时候，看见乱糟糟的帐篷内部和在床上莫名失踪的三枝，手中的枪掉在地上发出尖锐爆鸣。
直升机连夜飞行到巴斯岛上，在白天可算是到达岛屿上面，新城和佐藤火急火燎的登上直升机，前往樱花国，会合还未登上摩杰拉的结城准备解救三枝。
根据线人所提供的线索，三个人躲在一个小山包后面用望远镜，看着一辆汽车在一栋建筑面前停下来，然后又看着那从汽车当中下来的人走进建筑，挥了挥手叫，另外两个人拿上枪，偷偷跟着走下来的那个人。
色调暗黑色的实验室当中，三枝在床上面动弹不得，手脚都被绑带给死死绑住，这个时候听到门后面传来声音，抬头向那边一看，正是不久听说被贬下来的大久保博士，大久保博士也不装，坦白的表示自已不甘心接受T计划失败，想要重新进行实验，但是上层对自已的这个想要重启的计划驳回了，干脆一不做二不休，更疯狂了，他找到了樱花国的黑手党，共同制造了一台功率更大的精神仪器，获取三枝那强大的超能力，想要继续控制哥斯拉。
海底猛烈的发出地震，整片亚洲大陆的地层都在隐隐约约的震动，平成哥斯拉强行把整个地板给撕出一道裂缝，然后和终焉哥斯拉从裂缝当中游出来，继续向着樱花国前进。
之前本来是直接下海就往樱花国守株待兔的，知道刚刚下海的途中就突然遭遇了一股巨大的不明漩涡，把自已和平成给卷进了地底，一些红色小螃蟹还想过来攻击，两发放射热线一起放，红色小螃蟹全部变成了烤螃蟹，放到口中嚼两下，苦的，不好吃。
不过也顺理成章的顺着螃蟹过来的路线找到了一个小小的裂缝，平成哥斯拉不多废话，直接伸出爪子抓住那个裂缝开始撕扯，发力两下直接扯开裂缝，然后顺着水流游出来。
在感应到两条哥斯拉已经出现了之后，一直在大气层上面盘旋的太空哥斯拉也有所行动，三只怪兽非常默契的向着樱花国前进。
太空哥斯拉飞行速度通过那个红色怪人留下来的电脑进行检测已经超过了40马赫，在昏暗的天空当中犹如一颗白色流星向着樱花国急速飞来，然后在上空几千米的地方突然减速接着地面几百米的地方缓慢飞行，途中经过了数个城市，全部先被身上所散发出来的电磁波给弄的停电，然后又从地面生长出大量结晶将沿途建筑损坏。
大久保博士那边的建筑虽然没有被幽灵水晶从地面突然生长出来刺破，但是那些电子设备却被电磁波给弄得瘫痪，新城和佐藤以及结城几个人趁着这个机会赶紧冲进房间，几个人经历了一场惨烈的枪战，枪法再好，那也干不过正在全力发动念力超能力的人，几分钟之后，三个人成功救出三枝，大久保博士依然在那边修着他的精神仪器。
飞到这个城市上空的时候，太空哥斯拉像是感应到了什么奇特的精神波动，城市上空转了个身子又转了一圈，然后那股精神波动又消失了，用爪子挠了挠头表示疑惑，转过身继续向着其他地方飞过去，大久保则是因为又来了一次超强的电磁波，让机器当中的电池发生爆炸，配合着这一次从地里生长出来的结晶，整个屋子轰然倒塌被结晶掩埋。
太空哥斯拉降落福冈地区，抬起头，左右看了一下，距离那个地方最高的楼房那里停下来，深吸一口气，把身上的结晶收回去转变为正常状态，然后爪子上面浮现出绿色的光团，弯下身子，爪子对着地面狠狠的一拍，绿色的光芒渗入地面，瞬间以太空哥斯拉为中心，身高在30米到50米的结晶密密麻麻的重叠生长，结晶整整蔓延千米之远。
那个最高楼上方也长了水晶，源源不断的吸收来自宇宙当中的能量为太空哥斯拉提供永不枯竭的能量源，如果从外太空来看的话，可以看到此刻有一团暗黑色的东西正在向着樱花国那边呈现龙卷风一样的飞去，能量进入太空哥斯拉身体内自成的宇宙当中转化。
“这个星球，很不错，之后，就以这为中心吧。”太空哥斯拉看着自已的巢穴已经初步搭建完毕，开口默默的说道，这个时候突然抬起头，看向远方，表情凝重，然后又突然的释怀，张开嘴巴像是发出大笑的声音。
“哦？那个家伙居然逃脱了黑洞？哈哈哈，有趣，实属有趣啊，我倒是想看看，就凭你们两个，哦，也许还要加上，那个好像是叫做，人的玩意儿，啊，算了，不管了，我倒是想看看你们三个在一起，是怎么能够对抗拥有一整个宇宙当中的量的我的……”
