1992年，小樱花的东京上空出现了一架不明飞行物。
不过对于这个事情，作家守泽建一郎对此并不感兴趣，只当是这又是别人的一个摆拍行动，不过对于今日这个报纸上面的另外一个消息。
相反的是，报纸上一个好像不是特别起眼的角落，一个有关于恐龙世界的报道引起了他的兴趣，
“我曾经见过真正的恐龙，恐龙是什么你们并不会明白的，但是我很清楚。”
于是乎他便立刻打电话，询问报纸出版社有关于登陆这个恐龙世界报道的具体事件。
随后了解到发出这个消息的是一位老人，而那个老人正是在战争时期的拉哥斯岛上一个兵，原先漂亮国准备派兵围剿在这个岛上的樱花国士兵，正是因为这个岛上的恐龙让这支樱花军队活了下来。
了解了这个消息之后，寺泽也开始坚信起来在那个拉哥斯岛上的确存在着活的恐龙，随后便又开始找人，在一个古生物学家那边找到的资料进行整理，他有了一个大胆的想法，这个拉哥斯岛上可能存在多只恐龙，并且现在出现的两条哥斯拉可能就是在这上面的恐龙变异而成的，在这个世界上人们看不到的地方，都有可能还隐藏着一个哥斯拉族群。
再一次经过多方的消息打听，当下帝洋集团的老总新堂靖明就是那支部队的总指挥官，守泽很高兴，立刻前往拜访，新堂原本还是有点推迟的，但是也是给他讲了当时的那个情况，并且还把当时拍到的黑白照片给他，在上面清晰可见的是一只体型庞大的食肉恐龙，这哥斯拉龙的形象宛如暴龙类恐龙，但是头部却比暴龙类恐龙头部小了一圈，其他形象基本无差。
经过那个古生物学家真崎的分析，守泽更加确认了自已的心中所想，哥斯拉真的有可能是这个哥斯拉龙接受了漂亮国在那之后在比基尼环礁附近的核试验影响变异而成。
与此同时，小樱花的军方已经成功找到了那天晚上在东京上空的发光不明飞行物的降落地点，军方立刻派遣了大量的热武器前往，在不明飞行物的面前设立了好几道防线，土桥长官亲自带领着一众高层前往视察，看一看这个到底是什么玩意儿，怪兽就算了，怎么外星人也天天往这个小岛上面钻啊？
正在观察的时候，那个不明飞行物的下方突然投射出一道绿色的圆柱形，随后出现的便是三个人类的立体影像资料。
长官和那些高层走了过去，那三人开始介绍起来，表示他们是来自2204年的未来人，在未来到21世纪，小樱花会被愤怒的哥斯拉破坏，随着岛屿上面大量的核电厂损坏，樱花国本土将会受到极其严重的核污染，不再适宜任何人类居住。
23世纪，小樱花这个国家将不复存在，直接从地球上消失，作为那个时候成立的地球联邦的成员，这三个人所前来的目的地就是改变小樱花未来被毁灭的命运，改变的方法，就是依靠寺泽所写的书，《哥斯拉诞生》回到过去，将拉哥斯岛上面的哥斯拉龙转移到另外一个地方，让其不再遭受比基尼环岛的核试验辐射，从而让哥斯拉不复存在，从根源上抹杀。
未来人表示，此次的行动必须要有书的作者寺泽，古生物专家真崎以及具有心灵感应能力的三枝末希这三人组成现在的灭哥阵未来人那一方派出了惠美和人造人M11号一同参加这一次的行动，穿梭时空，回到过去。
三支末希上了飞船，意外的看见在飞船上面还有三只长着绿油油头发的小飞兽，惠美表示这个小怪兽叫做多拉多，不用害怕，就是几只宠物而已。
谁也没发现一个事儿，基地貌似有一点漏洞，一条颜色呈现红色与黑色相互交叉的小蛇察觉出这是一个温暖的环境，在飞船当中产下了八枚蛇卵，随后便离开这里。
时空跳跃启动，时间回到了1944年2月份的拉哥斯岛上，此刻战火弥漫，甚至在空气当中都能够闻到火药味以及血肉被烧焦的味道。
此时此刻在一艘军舰上，漂亮国的军队正在准备马绍尔群岛战役的最后总攻，藏在拉哥斯岛山洞上面的年轻新堂的部队也在筹划最后的反扑。
第二天清早，漂亮国与小樱花双方的陆军相遇，立刻展开了猛烈的交火，战斗愈加猛烈的时候伴随着一声吼叫，丛林当中冒出了一个巨大的龙头，被这股声音吵的根本睡不好觉的哥斯拉龙这个时候钻的了出来，向着先攻击自已的漂亮国军队展开了猛烈的攻击，一甩尾巴，一踏脚，一踩，上岛的漂亮国陆军顷刻之间就被哥斯拉龙给团灭。甚至于火箭弹打到哥斯拉龙的身上也没有太大的作用。
海面上，漂亮国的军舰舰炮开始调转炮口发出猛烈的炮火打击，哥斯拉龙扛不住猛烈的炮火，身上被开了数个血洞，嘴角溢着鲜血，重伤倒地。
考虑到现在的形势较为紧迫，漂亮国最终还是选择了放弃争夺拉哥斯岛这个地盘，开着船加速撤退，年轻的新堂部队也因此侥幸活了下来，眼含热泪的看了一眼哥斯拉龙，敬了个礼，同样的也开始撤退。
等到双方的军队都撤离之后，灭哥5人开始利用时空飞船上面所搭载的穿梭器械将哥斯拉龙完整的传送到了白令海峡的最深处。
众人又在岛上连同周边的海域找了一圈，但是却并没有发现第二只哥斯拉龙的痕迹，有些疑惑，难不成在变异的过程当中，哥斯拉龙还进行了自我分裂？
不管怎么说还是解决了一个祸害，行动顺利，不过在众人临走的时候，未来人惠美打开了窗口，把三只小飞龙多拉多放到了飞船外面，一同爬出来的，还有因为温度过高过快孵化出来的8条小红蛇，随后众人乘坐飞船，快速的返回1992年的樱花国。
根据报告显示，哥斯拉1号已经消失了，但是2号依然还在，并且这两天的活动非常剧烈，虽然疑惑，但是并未多管，而是叫军队做好防护。
防护个蛋啊，几发金黄色的引力光线就把陆地上的军队给打成傻子了，谁也没料到一只体型庞大的金色三头巨龙猛的出现在东京的上空，同一时间段山区周边的海水倒灌。
一只体型相较于那条金色三头龙大了足足两倍的红色怪兽从海洋当中浮起来，8个像是龙一样的头散发出猩红凶光，在对面，终焉哥斯拉同样的钻出海面，张开嘴巴，发出愤怒的吼叫，本来在海里头好好的睡着觉，突然之间这个家伙直接就冲进了海底洞穴，一口咬着自已就向着陆地拖拽。
“想死是吧！我成全你！”
