对哥斯拉作战以城市被毁了接近一半结束，终焉哥斯拉在作战过程当中被命名为哥斯拉2号，平成哥斯拉被命名为哥斯拉1号，再看到1号被埋入火山，2号跳进海洋当中逃跑了之后。
在一片狼藉的新宿城中，自卫队开始回收超级X的残骸和留在原地的哥斯拉细胞。
有三个来自生物工艺学企业的大漂亮国的人伪装成小樱花这边自卫队收集细胞的时候时被发现了，慌不择路之下直接击毙了一些自卫队成员后立即逃走，然而都在趁机逃跑的时候备受传来了砰砰三声枪响，大漂亮的人倒在地上，手上箱子当中的哥斯拉细胞被沙拉迪亚共和国的人拿走了。
依靠石油发展起来的沙拉迪亚共和国想要抢夺哥斯拉G细胞的目的很简单，想要借助白神博士的技术再加上哥斯拉这会自我复制的遗传细胞创造出永远都不会枯萎的植物，从而撼动漂亮国作为第一粮食出口大国的地位。
白神博士正准备坐下来和负责人好好的聊一下接下来发展的时候，一阵巨大的震动伴随着爆炸声传来，白神博士猛的站起来，向着窗外看去，然后赶紧向外跑，面前巨大的实验室被炸出了一个巨大的缺口，当中，熊熊的火光以及冲天的黑烟升起来，漂亮国的生化企业使用武装力量破坏了实验室，哥斯拉的细胞全部被毁了，大体意思就是我没得到G细胞，那么你们也别想好过。
白神博士慌张的跑进研究所当中，在一片废墟当中，他猛的跪下来，然后痛哭，在那大量的废墟当中他看见自已的女儿英里家躺在地上，已经停止了呼吸。
在那之后，所有的实验被迫终止，白神博士决心不再搞实验，隐居在芦之湖边上，每天吹着湖上的风抚慰自已受伤的心。
5年之后，三原山火山的活动越发的剧烈，地层当中的震动一天比一天猛烈和延长。
一个少女猛的从床上坐起来，擦了一下满是汗水的头，整整5年了，她几乎每一天晚上都在做着一个相同的梦，吼叫声回荡在周边，蓝色的火光在地上不断的扫射，冲天而起的蘑菇云不断的在世界各地上演，橙红色的火光当中，一只巨兽站在其中，向着天空发出愤怒的吼叫。
为了安全起见，三枝末夕和其他一些同样具有心灵感应能力的孩子们坐上直升机，向着三原山火山口飞去，在靠近的时候，三枝末夕闭上眼睛，静下心来，开始认真的感应，在那岩层当中，一个身影开始逐渐的活动，三枝末夕猛的睁开眼睛，向着周围的人说道，跟着的一个樱花国高层感觉到了不妙。
从科学，地理，心理以及气象，精神学，或者是任何非物理迹象探测到哥斯拉的活动时，小樱花政府即刻启动一级应对哥斯拉方法，加强过后的超级x战机已经备好，就等哥斯拉苏醒准备迎接属于这个新生大家伙的第一场战斗了。
与此同时，筑波生命工程研究所的雾导博士通过漫长的研究，成功的开发出来了一种能够抑制核反应的细菌，可以说得上是完克现在的哥斯拉，只不过这种细菌还是有那么一个缺点的，无法在实验室以外的地方生长繁殖，还需要一个节点，需要哥斯拉的G细胞当中的遗传因子和精通遗传的科研人员，5年前，在沙拉迪亚共和国研究过的永不枯萎植物的白神博士就成了军方的最好人选。
上一次军方幸好保存了一些细胞，就存放在大河内基金内的研究所当中，以便不时之需，那么现在，细胞有了，就差人了。
白神博士刚开始并不打算答应，因为自已爱女的死亡，原先是并不打算接收一切有关于哥斯拉的研究，军方第一次上门就吃了一个闭门羹，无奈只能叹了一口气，打算等白森博士情绪稳定下来之后再去一次。
平静的一天晚上，活动了那么久的三原山火山口忍不住了，有个玩意儿一直在自已当中磕着，弄得很不舒服，直接爆炸，随后便是冲天而起的火光与黑烟，直接引起了一系列的地震，白神家因此受到牵连，打翻了白神博士放在实验桌上面象征着自已女儿的红玫瑰，当初他把自已女儿的基因移植到了玫瑰花上面。
听到声音的白森博士跑回实验桌，看到了自已倒在地上的红玫瑰，这是自已女儿留给自已唯一的遗产，必须得保住，思考再三，决定同意了军方的噬核细菌实验。
不过有一个条件，在这其中自已需要专心致志，希望军方的人不要打扰他，他需要安心研究，并且希望把哥斯拉的G细胞交给自已保管，军方虽然有点不放心，但还是接受了白神博士的要求。
白神博士眼看细胞到手，当天晚上立刻抓紧机会展开研究，把哥斯拉的细胞连带着自已女儿基因的玫瑰花细胞融合在了一起，实验很成功，白山博士得到了一株永不枯萎的玫瑰花，将其放在最显眼的地方。
平成哥斯拉快要苏醒了，活动迹象越来越明显，心跳一天一天的加快，身体温度逐渐升高，从科学，地理，心理以及气象，精神学，或者是任何非物理迹象探测到哥斯拉的活动时，政府即刻启动二级应对哥斯拉方法。
超级ⅹ2战机快马加鞭的做最后的调试工作，其外壳拥有比钛合金高两倍的防护，打开机头，在那其中拥有人工钻石打造的热核反射镜，只要哥斯拉张开嘴喷出放射热线就能够进行精准的吸收，还能够加强万倍反射回去，这对于应对哥斯拉的威胁是一个强大的战斗力。
另外一边，白神博士的住处当中，晚上两名漂亮国的间谍翻窗户进入，准备盗窃资料，同时还有沙拉迪亚共和国的特工也准备潜入，同样的偷取资料，准备拿回去自已搞。
好巧不巧，两人在实验室的门口相遇了，双方立刻躲起来，并拿出了身上的手枪开始激烈交火，枪的声音回荡在漆黑的夜空当中，貌似是感受到了声音，漆黑当中生出了数条黑绿色触手，直接缠住了这几名间谍的身体，其中一个间谍反应较快，直接跳窗逃跑，其他的间谍则是拼命反抗，最终，还是有一名间谍被活生生被藤蔓勒死。
白天，大量的群众围观在芦之湖边上，拿出照相机向着湖上升起的一朵巨大的玫瑰不停的拍照。
“完了，玫瑰和哥斯拉的细胞融合变异了。”
