米花小学近期遭遇了一系列离奇的盗窃事件，让全校师生人心惶惶。先是图书馆里一些珍贵的书籍不翼而飞，紧接着，美术教室里学生们精心创作准备参加比赛的画作也不见了踪影，甚至连体育器材室的一些崭新的运动器材也莫名消失。
少年侦探团的成员们，柯南、元太、步美、光彦和灰原哀听闻此事后，决定展开调查。他们利用课间休息和放学时间，在校园里西处寻找线索。
柯南在图书馆被盗书籍的书架附近，发现了一些奇怪的脚印，脚印很小，不像是成年人留下的。在美术教室，他又注意到窗户上有一些细微的划痕，似乎有人从这里进出过。而在体育器材室，元太发现了一个带有奇怪标志的碎布片。
步美担心地说：“这些小偷也太坏了，偷走我们的书和画，我们该怎么办呀？”
光彦推了推眼镜，说道：“别担心，我们可是少年侦探团，一定能把小偷找出来！”
灰原哀则冷静地分析：“从这些线索来看，盗窃者应该对学校环境比较熟悉，而且身材可能比较矮小，很有可能是学生。”
他们决定从学校各个班级入手调查。元太自告奋勇，在课间休息时，跑到每个班级门口，观察同学们的鞋子，试图找到与图书馆脚印相匹配的。光彦则去询问各个班级的老师，是否有学生近期行为异常。步美在校园里西处打听，看看有没有人见过那个奇怪标志的碎布片。
柯南和灰原哀则再次回到体育器材室，仔细研究那个碎布片。柯南发现，碎布片上的标志像是某个社团的徽章。他们通过向老师请教，得知学校曾经有一个手工制作社团，这个社团的徽章图案与碎布片上的标志相似，但这个社团因为成员太少，己经停办很久了。
柯南灵机一动，他觉得盗窃者可能与这个手工制作社团有关。于是，他们找到了曾经参加过这个社团的学生名单。经过逐一排查，他们发现一个叫小林的同学最近行为十分古怪。他总是独来独往，而且每次看到少年侦探团在调查，都会刻意避开。
少年侦探团决定对小林进行跟踪。放学后，小林背着一个鼓鼓的书包，离开了学校。他来到了学校附近的一个废弃仓库。柯南等人悄悄跟了进去，发现仓库里堆满了被盗的书籍、画作和运动器材。
就在这时，小林发现了他们。他惊恐地看着少年侦探团，手中紧紧握着一个木棍，大声喊道：“你们不要过来！”
柯南走上前，轻声说道：“小林，我们知道你这么做肯定有原因，但偷东西是不对的。你为什么要这么做呢？”
小林犹豫了一下，眼中流下了泪水，缓缓说道：“我很喜欢手工制作，也很珍惜以前社团的时光。可是社团停办了，我觉得学校不重视我们这些爱好。我想引起学校的注意，让他们重新恢复手工制作社团，所以才想出了这个办法……”
少年侦探团的成员们听了小林的解释，既感到同情，又明白他的做法是错误的。柯南说道：“小林，你想恢复社团的想法是好的，但用这种方式只会让事情变得更糟。我们可以一起去跟老师说，用正确的方法来解决问题。”
小林听了柯南的话，放下了手中的木棍，点了点头。最后，在少年侦探团的帮助下，小林向学校承认了错误，被盗的物品也都物归原主。学校也重新考虑了恢复手工制作社团的事情，而少年侦探团也因为成功解决了校园盗窃案，再次成为了米花小学的小英雄。
小林认错并归还被盗物品后，这件事在米花小学引起了不小的轰动。同学们得知真相后，对小林的行为既感到惋惜，又为他勇于认错的态度所打动。学校老师经过商议，决定重新评估恢复手工制作社团的可行性。
少年侦探团借此机会，向学校提交了一份详细的关于手工制作社团的规划书。规划书中不仅阐述了社团活动对学生创造力和动手能力培养的重要性，还提出了一系列有趣且富有教育意义的活动方案，比如定期举办手工展览、与其他学校的手工社团进行交流等。
在少年侦探团的积极推动以及众多同学的支持下，学校最终批准了恢复手工制作社团的申请。小林因为对社团的深厚感情以及独特的手工技艺，被推选为社团负责人之一。他深知这次机会来之不易，决心好好经营社团。
社团成立后的第一次活动，就吸引了许多同学报名参加。小林站在社团活动室的讲台上，有些紧张但又充满自豪地向新成员们介绍社团的历史和未来规划。柯南、元太、步美、光彦和灰原哀也都前来帮忙，为新成员们示范各种手工制作技巧。
元太兴奋地展示着他制作的纸艺恐龙，大声说：“看啊，这个恐龙超酷的，大家都可以试试，做手工可好玩啦！”
步美则温柔地教同学们如何制作漂亮的纸花，她笑着说：“把这些花放在教室里，一定能让教室变得更温馨。”
光彦在一旁讲解着手工制作中蕴含的科学原理，让同学们在动手的同时也能学到知识。灰原哀虽然话不多，但她的手工作品精致而独特，引得同学们纷纷围过来请教。
随着时间的推移，手工制作社团逐渐走上正轨。社团成员们的作品越来越出色，不仅在学校内部的展览中大放异彩，还在区里举办的手工比赛中获得了多个奖项。小林在这个过程中，也变得越来越开朗自信，他与少年侦探团的成员们成为了好朋友。
而少年侦探团因为成功解决校园盗窃案并推动手工制作社团的恢复，在学校里的名气越来越大。其他班级的同学遇到问题，都会主动来找他们帮忙。少年侦探团的成员们也更加积极地参与到学校的各种事务中，用他们的智慧和勇气，为米花小学营造了一个更加和谐、有趣的学习环境。
