在米花町的郊外，有一座历史悠久的神秘庄园。这座庄园属于富有的铃木家族，然而，老庄主铃木次郎吉前不久突然离世，留下了巨额的遗产和这座充满故事的庄园。按照他的遗嘱，遗产的分配将在庄园内进行，所有有继承权的家族成员都被邀请前来。
毛利小五郎收到了一封匿名信，信中暗示遗产分配背后隐藏着不可告人的秘密，可能会引发危险，希望他能前来调查。小五郎觉得此事颇有蹊跷，决定带着柯南和小兰一同前往庄园。
当他们抵达庄园时，发现这里气氛凝重。铃木家族的成员们各怀心事，彼此之间充满了猜忌。在遗产宣读会上，律师拿出了遗嘱。然而，令人震惊的是，遗嘱中大部分遗产都将留给一个神秘的人物，此人身份未明，只在遗嘱中被称为“X”。
家族成员们顿时炸开了锅，纷纷表示不满和疑惑。就在这时，庄园内突然停电，黑暗中传来一阵惊呼声。等电力恢复后，人们发现家族中的一位成员铃木雄二倒在地上，胸口插着一把匕首，己经死亡。现场一片混乱，众人陷入了恐慌之中。
柯南迅速开始勘查现场，他发现死者身旁有一张被撕碎的纸条，上面隐约写着一些关于遗产和“X”的线索。同时，他注意到窗户边有一串泥泞的脚印，似乎有人从外面翻窗而入。
毛利小五郎也开始询问在场的家族成员。据铃木雄二的妻子回忆，雄二在停电前曾收到一张纸条，看完后脸色大变，然后就匆匆离开了房间。
随着调查的深入，柯南发现家族中的几个成员都有杀害雄二的动机。铃木雄二的弟弟铃木秀一一首觊觎哥哥在家族中的地位，认为他阻碍了自己继承更多遗产；铃木雄二的商业合作伙伴山口，因近期与雄二在生意上产生了巨大分歧，也有作案嫌疑；甚至连老庄主的私人秘书小林，似乎也与遗产分配有着千丝万缕的联系。
柯南仔细分析着每一个线索，他发现那串泥泞脚印的鞋码与铃木秀一平时所穿的鞋子尺码相近。而且，在秀一的房间里，柯南找到了一个未开封的手电筒，上面残留着一些泥土，与窗台上的泥土成分相同。
就在柯南准备向毛利小五郎说出自己的推理时，又一起命案发生了。这次的受害者是山口，他在自己的房间里被人用毒药毒死，身旁同样放着一张写有奇怪符号的纸条。
柯南意识到，凶手可能是想通过连续杀人来掩盖自己的真实目的，而这个目的与神秘的“X”和遗产分配紧密相关。他重新梳理线索，发现这些奇怪的符号与老庄主生前研究的一种古老密码有关。
经过一番艰苦的破解，柯南终于解开了密码，原来“X”指的是老庄主失散多年的私生子。老庄主在临终前找到了他，并决定将大部分遗产留给他，以弥补多年的亏欠。
而真正的凶手正是老庄主的私人秘书小林。小林为了独吞遗产，利用家族成员之间的矛盾，制造了这一系列的杀人事件，企图将罪名嫁祸给其他人。
在铁证面前，小林不得不承认了自己的罪行。随着凶手的落网，这场因遗产纷争引发的惨案终于画上了句号，神秘庄园也恢复了往日的平静。
随着神秘庄园遗产纷争杀人案的凶手落网，这起充满戏剧性与悬疑色彩的案件迅速成为米花町各大媒体竞相报道的焦点。
《米花时报》的资深记者藤井一郎敏锐地察觉到这其中的新闻价值，第一时间对案件进行了深入报道。报道中，详细描述了毛利小五郎、柯南和小兰在案件中的介入，尤其着重渲染了柯南那超乎常人的观察力和推理能力，将他描绘成一个小小年纪却智慧过人的“少年侦探”。同时，文章也对铃木家族复杂的人物关系、老庄主离奇的遗嘱以及凶手小林那为财不择手段的行径进行了细致刻画。
报道一经刊出，立刻在米花町引起了轩然大波。民众们对这起发生在豪门家族中的惨案津津乐道，报纸销量一路飙升。许多家长看到报道后，对柯南的聪明才智赞叹不己，纷纷希望自己的孩子也能像柯南一样机智勇敢，解决难题。学校里，孩子们也热烈讨论着这起案件，柯南瞬间成为了校园里的风云人物。元太、步美和光彦更是满脸自豪，逢人便说柯南是自己少年侦探团的伙伴。
然而，报道也给相关人员带来了一些困扰。铃木家族虽然因为老庄主的离世和这一系列惨案己经低调行事，但铺天盖地的报道还是让他们再次暴露在公众视野之下。家族成员们对隐私被曝光感到不满，一些原本就关系紧张的成员之间矛盾更深了。铃木雄二和山口的家属沉浸在失去亲人的悲痛中，又要面对媒体的不断追问，身心俱疲。
毛利小五郎看着报道中对柯南的夸赞，心里既为柯南感到高兴，又有些小小的嫉妒。“哼，这小鬼，风头都被他抢去了，明明我也出了不少力嘛！”小五郎嘴上虽然这么说，但还是忍不住反复翻看报纸，脸上不自觉地露出一丝笑意。
小兰则担心报道会给柯南带来过多的压力，她关切地对柯南说：“柯南，最近这么多人关注你，你会不会觉得不自在啊？要是有人打扰你，一定要告诉我哦。”柯南笑着回答：“没事的，小兰姐姐，我觉得这样还挺有趣的，而且这也能让更多人知道遇到案件要冷静思考，用智慧解决问题。”
随着时间的推移，这起案件的热度逐渐消退，但它所带来的影响却在米花町民众心中留下了深刻的印记，成为了人们茶余饭后偶尔还会提起的话题，而柯南的“少年侦探”之名，也随着这起案件，在米花町更加响亮。
