毛利一家在推理节目中夺冠的喜悦还未消散，东京却又被一桩令人毛骨悚然的绝世杀人案所笼罩。案件发生在一座废弃的精神病院内，这座医院曾因多起医疗事故而关闭，长久以来散发着阴森的气息。
死者是一位名叫夏目晴子的年轻女子，尸体被发现时呈现出一种诡异的姿态，西肢扭曲，面部表情惊恐万分。她的身旁用血写下了一串奇怪的数字：741852963。现场没有明显的打斗痕迹，唯一的入口处布满了灰尘，却没有发现任何脚印，仿佛凶手是凭空出现又消失一般。
柯南、毛利小五郎和工藤悠子一同赶到现场。柯南一进入废弃医院，便敏锐地察觉到一股刺鼻的气味，似乎是某种化学药品的味道。他蹲下身子，仔细观察那串血字，发现数字的写法有些特别，笔画的粗细和力度不均匀，仿佛写字的人当时处于极度紧张或者身体受限的状态。
毛利小五郎眉头紧皱，环顾西周说道：“这地方透着一股邪气，凶手选在这里作案，难道有什么特殊的目的？”
工藤悠子则在一旁检查死者的衣物，她发现死者的袖口有一些细碎的白色粉末，凑近一闻，有淡淡的花香。“这粉末很奇怪，不像是普通的灰尘，也许是来自凶手的身上或者作案现场的某个特殊物品。”悠子说道。
警方通过调查得知，夏目晴子是一名研究植物学的研究生，近期正在进行一项关于稀有花卉的研究项目。她性格开朗，社交圈子简单，并没有与人结怨的迹象。
“会不会是她的研究涉及到了某些人的利益，所以才招来杀身之祸？”柯南推测道。
为了找到更多线索，他们来到夏目晴子的研究室。研究室里摆满了各种植物标本和实验设备，在桌子上，柯南发现了一本日记。日记里记录了夏目晴子研究的进展，其中提到她在郊外的一片神秘森林中发现了一种从未被记载过的花卉，这种花卉具有特殊的药用价值，但同时也可能存在着未知的危险。
“这片神秘森林说不定是关键，我们去那里看看。”毛利小五郎说道。
当他们来到那片森林时，发现这里弥漫着一层薄薄的雾气，西周寂静得可怕。在森林的深处，他们找到了夏目晴子日记中提到的那种花卉。花朵呈现出一种奇异的蓝色，散发着迷人的香气。
柯南刚靠近花朵，突然感觉头晕目眩。“不好，这花香有毒！”他赶紧捂住口鼻，提醒其他人。
就在这时，一个身影从树林中闪过。毛利小五郎等人立刻追了上去，却发现一个戴着面具的人站在一片空地上。
“你们不该来这里的，这一切都是她自找的！”面具人冷冷地说道。
“你是谁？为什么要杀害夏目晴子？”毛利小五郎大声质问道。
面具人缓缓摘下了面具，竟然是夏目晴子的导师，森田教授。“晴子太天真了，她以为发现了这种花就能名垂青史。她不知道，这种花一旦被开发利用，会带来多么可怕的后果。我不能让她把这个秘密泄露出去。”
原来，森田教授在多年前就发现了这种花的存在，他深知这种花蕴含的毒素可以被制成致命的生化武器。为了保守这个秘密，他不惜杀害自己的学生。
“所以你就伪造了那个奇怪的案发现场，还留下那串数字想误导我们？”柯南愤怒地说道。
森田教授冷笑一声：“那串数字不过是我随意写下的，我以为警方会被这个废弃精神病院的诡异氛围所迷惑，不会这么快找到这里。”
最终，森田教授被警方逮捕，这起绝世杀人案也终于水落石出。柯南、毛利小五郎和工藤悠子再次凭借着智慧和勇气，揭开了隐藏在黑暗背后的真相。
