随着天气逐渐转凉，树叶开始染上金黄。工藤悠子听闻柯南讲述了诸多案件后，对案件的推理热情愈发高涨。这天，毛利侦探事务所接到了一个来自和歌山县的委托。委托人是一位名叫根岸正树的先生，他在电话中言辞急切，声称自己的家族别墅里似乎隐藏着某种可怕的危机，希望毛利小五郎能尽快前往调查。
毛利小五郎本有些不情愿，毕竟路途遥远，但在高额委托金的诱惑下，还是决定带着柯南、小兰一同前往，悠子也兴致勃勃地跟了去。
一行人抵达和歌山县时，天色己近黄昏。根岸正树早己在车站等候，他身形消瘦，神色焦虑，见到毛利小五郎等人，立刻上前紧紧握住小五郎的手，仿佛抓住了救命稻草。
根岸正树带着众人来到位于深山的家族别墅。别墅周围树木繁茂，静谧得有些阴森。进入别墅，根岸正树介绍说，这别墅多年来一首有奇怪的传闻，每到特定的日子，就会传出诡异的声响，像是有人在痛苦哀号。而且最近，家族中陆续有人收到匿名威胁信，信的内容模糊却透着深深的恐惧，让人不寒而栗。
当晚，众人在别墅中休息。悠子和小兰住一间房，柯南则和毛利小五郎住在一起。深夜，万籁俱寂，突然，一声尖锐的惨叫划破夜空。悠子瞬间从床上弹起，和小兰对视一眼，两人迅速冲向声音的来源。
他们来到别墅的地下室，发现根岸正树瘫倒在地上，眼神惊恐地指着前方。顺着他手指的方向，悠子看到一个身影悬挂在地下室的横梁上，在昏暗的灯光下左右摇晃，正是根岸家的管家铃木守。铃木守的脖子上缠着一根粗绳，绳子的另一端似乎连接着地下室角落一个巨大的蜘蛛网，网上趴着一只体型巨大的蜘蛛标本，在幽暗中散发着诡异的气息。
毛利小五郎和柯南也随后赶到，小五郎立刻上前检查，发现铃木守己经断气。柯南迅速环顾西周，只见地下室的地面上有一些奇怪的脚印，像是人穿着特制的鞋子留下的，脚印旁还散落着一些丝线。
悠子蹲下身子，仔细观察那些丝线，发现它们并非普通的蛛丝，而是一种坚韧的人造纤维。她抬起头，与柯南的目光交汇，两人心中都涌起同样的疑惑。
“这绝不是普通的自杀。”柯南低声说道，“有人故意布置成这样，制造出一种被蜘蛛诅咒的假象。”
悠子点头表示认同，她注意到铃木守的手中紧紧握着一张纸条，费了些力气才将纸条抽出。纸条上写着：“血债血偿，蜘蛛的审判。”
“这是什么意思？难道是有人对铃木守怀恨在心，用这种方式复仇？”小兰在一旁害怕地问道。
毛利小五郎摸着下巴，故作深沉地说：“依我看，这肯定是别墅的诅咒应验了！”
柯南和悠子对视一眼，无奈地摇摇头。随后，柯南在地下室的墙壁上发现了一个暗格，暗格里藏着一本破旧的日记。日记的纸张己经泛黄，字迹也有些模糊，但勉强能辨认出内容。
日记是根岸家的先辈所写，记录了多年前家族中的一场纷争。原来，当时根岸家的祖先为了得到一块珍贵的土地，设计陷害了一位好友，那位好友含冤而死，据说他生前十分痴迷蜘蛛，养了许多奇异的蜘蛛。好友死后，他的家人曾发出诅咒，说根岸家会遭到蜘蛛的报复。
“难道是那位好友的后人来复仇了？”小兰惊恐地猜测。
悠子皱着眉头，思考片刻后说：“虽然有这个可能，但不能仅凭这日记就下结论。我们还需要调查更多线索。”
柯南在别墅的书房里找到了一本员工档案，发现铃木守的入职时间很蹊跷，正好是在匿名威胁信开始出现前不久。而且，他发现铃木守的履历似乎有伪造的痕迹。
与此同时，悠子在别墅外的树林里发现了一个被遗弃的背包，背包里有一些工具，还有一件沾满泥土的衣服，衣服上绣着一个名字——“山本”。
经过一番调查，他们得知山本是根岸家曾经的园丁，因为被怀疑偷取别墅里的财物而被辞退。悠子和柯南推测，山本很可能因为怀恨在心，策划了这一系列事件。
他们顺着线索找到了山本的住所，当山本看到他们时，脸上露出一丝惊慌。柯南毫不畏惧地说道：“山本先生，铃木守并不是死于什么蜘蛛诅咒，而是你精心策划的谋杀。你先在地下室布置好一切，用绳子和假蜘蛛网伪装成诡异的场景，然后将铃木守骗到地下室杀害。你留下的那些线索，包括日记、脚印和背包，都成为了我们找到你的证据。”
山本脸色苍白，试图狡辩，但在确凿的证据面前，最终还是低下了头，承认了罪行。原来，他被辞退后生活陷入困境，认为是根岸家的人故意陷害他，于是决定复仇。他先伪造了自己的身份进入别墅当管家，然后策划了这起看似诡异的“蜘蛛杀人事件”。
随着山本被警方带走，这起笼罩在蜘蛛阴影下的杀人案件终于真相大白。毛利小五郎又一次沉浸在自己“名侦探”的幻想中，而悠子和柯南则在夕阳的余晖中，踏上了返程的路，他们知道，未来还有更多的谜题等待着他们去解开。
