就在工藤悠子专注于创作小说时，东京市内突然发生了一系列令人毛骨悚然的连续杀人事件。受害者均为年轻女性，死状凄惨，且尸体旁总会留下一朵黑色的玫瑰。这一系列案件引起了社会的广泛关注，民众陷入恐慌之中，警方也被巨大的压力笼罩。
毛利小五郎决定主动协助警方调查，柯南和工藤悠子自然也加入其中。他们首先来到最近一起案件的现场，那是一条昏暗的小巷。死者倒在血泊中，身旁的黑色玫瑰显得格外刺眼。柯南仔细勘查西周，在附近的墙壁上发现了一些奇怪的划痕，像是用尖锐物品刻意留下的。
“这些划痕也许是凶手留下的某种暗示。”柯南一边说着，一边用放大镜仔细观察。
工藤悠子则在死者的衣物口袋里找到了一张纸条，上面写着一串看似毫无规律的数字：“3、17、25、49”。
“这串数字很可能是解开案件的关键。”悠子皱着眉头思索道。
毛利小五郎摸着下巴，提出自己的看法：“说不定这是凶手对下一个作案地点或者时间的提示。”
他们将这些线索带回警局，与之前几起案件的资料进行比对。经过一番努力，柯南发现这些案件的受害者虽然看似毫无关联，但她们都曾在同一家咖啡店出现过。
“也许凶手是在这家咖啡店里挑选作案目标的。”柯南推测道。
警方立刻对这家咖啡店展开调查，发现了一名行为诡异的员工。这名员工总是戴着帽子，刻意回避警方的询问，而且每当警方提及案件相关信息时，他的眼神都会流露出一丝慌张。
然而，就在警方准备对他进行深入调查时，又一起命案发生了。这次的死者同样是年轻女性，身旁依旧放着黑色玫瑰。但与之前不同的是，死者手中紧握着一枚徽章，徽章上刻着一只展翅的雄鹰。
“看来凶手在故意挑衅警方，他的作案手法似乎在不断变化。”毛利小五郎愤怒地说道。
柯南在案发现场发现了一辆可疑的黑色轿车，车牌号被刻意遮挡。他迅速记住了车辆的特征，并通知警方在全市范围内排查。
与此同时，工藤悠子对那串数字展开了深入研究。她通过查阅各种资料，发现这串数字可能与一种古老的密码系统有关。经过艰苦的破解，她终于得出结论：数字代表的是日期和时间，指向三天后的一个废弃工厂。
“难道凶手打算在那里再次作案？”小兰担心地问道。
警方立刻在废弃工厂周围布下天罗地网，等待凶手的出现。三天后，夜幕降临，一个黑影鬼鬼祟祟地走进了废弃工厂。就在黑影准备动手时，警方迅速出击，将其制服。
原来，这名凶手是一名精神失常的男子，他曾在童年时期遭受过女性的虐待，从此对年轻女性产生了极度的仇恨。他以黑色玫瑰为标志，在咖啡店内挑选目标，实施犯罪。而那些奇怪的线索，不过是他故意留下，用来误导警方的。
随着凶手的落网，这场令人恐惧的连续杀人事件终于画上了句号，东京也逐渐恢复了往日的平静。而毛利小五郎、柯南和工藤悠子在这次案件中的精彩表现，再次成为人们口中的佳话。
凶手落网后，警方按照惯例对其住所进行全面搜查，期望找到与案件相关的更多证据，比如他作案的详细计划、受害者的更多信息，或者可能存在的其他同谋线索。然而，这一搜，却搜出了意外的发现。
在凶手住所的地下室里，警方找到了一个隐蔽的暗格。暗格中存放着一些文件，文件上的内容揭示了这起连续杀人案背后可能隐藏着更为复杂的阴谋。这些文件里提到了一个神秘的组织，似乎与凶手有着千丝万缕的联系，而且这个组织似乎对受害者的选择有着特定的标准，并非仅仅是凶手自述的童年创伤导致的无差别报复。
毛利小五郎、柯南和工藤悠子得知这一消息后，立刻要求深入参与调查。他们仔细研究了那些文件，发现文件中多次提到一个代号为“黑鹰”的人物，此人似乎是整个计划的关键策划者。
“这个‘黑鹰’到底是谁？他和凶手之间是什么关系？为什么要策划这一系列的杀人事件？”柯南心中充满了疑问。
工藤悠子则在文件的边缘发现了一些模糊的印记，经过技术处理后，显示出一个地址——东京郊外的一处废弃仓库。
“也许这个仓库就是他们的联络点或者还有其他重要线索。”悠子说道。
众人立刻与警方一同前往那个废弃仓库。当他们小心翼翼地进入仓库时，发现里面弥漫着一股陈旧的气味，西周摆放着一些破旧的机器和杂物。在仓库的角落里，他们找到了一些烧毁的纸张残骸，经过仔细拼凑和分析，发现上面记录着一些受害者的详细信息，包括她们的家庭背景、工作情况以及一些不为人知的秘密。
“看来凶手选择她们作为目标，并非偶然，这些信息背后肯定有什么关联。”毛利小五郎说道。
就在这时，柯南在仓库的墙壁上发现了一些用红色颜料绘制的奇怪符号，这些符号与之前在案发现场墙壁上发现的划痕十分相似。
“这些符号应该是他们组织内部的某种标记或者传达信息的方式。”柯南推测道。
经过一番努力，警方通过对凶手的进一步审讯以及对现有线索的深挖，终于查出“黑鹰”的真实身份——一位曾经在商界呼风唤雨，但因违法犯罪被剥夺一切的企业家，名叫黑田次郎。他为了报复社会，利用凶手对女性的仇恨心理，精心策划了这起连续杀人事件，企图引发社会恐慌。
随着黑田次郎的落网，这起原本看似简单的连续杀人事件背后隐藏的复杂阴谋终于彻底浮出水面。毛利小五郎、柯南和工藤悠子再次凭借着他们的智慧和勇气，为维护社会的安宁做出了贡献。而此次事件也让他们明白，犯罪的背后往往隐藏着更深层次的黑暗，作为侦探，他们追寻真相的道路依旧任重而道远。
