小兰和柯南化解误会后不久，毛利侦探事务所接到一起看似普通的案件。一位名叫藤本一郎的公司职员被发现死在自己家中，现场初步判断为自杀。死者坐在书桌前，手握一把手枪，头部有致命枪伤，身旁还留有一封遗书，遗书上表明他因工作压力过大，无法承受而选择结束生命。
警方原本准备以自杀结案，但藤本一郎的家人坚信他性格乐观，绝不可能自杀，于是委托毛利小五郎进行调查。毛利小五郎带着柯南和小兰来到案发现场。
柯南一进入房间，就敏锐地察觉到一些不对劲的地方。虽然现场布置得很像自杀，但书桌上的物品摆放过于整齐，不像是一个在极度痛苦中决定自杀之人的状态。而且，手枪上的指纹分布也有些奇怪，感觉像是被刻意摆放的。
“毛利叔叔，这个案件可能没那么简单。”柯南小声对毛利小五郎说道。
毛利小五郎摸着下巴，点头表示同意：“我也觉得有点蹊跷，看来不能轻易相信这是自杀。”
他们开始仔细勘查房间，在垃圾桶里，柯南发现了一些被撕碎的纸张碎片，拼凑起来后，上面隐约写着一些商业机密相关的内容。这似乎表明，藤本一郎的死可能与他的工作有关。
与此同时，小兰在与藤本一郎的邻居交谈中得知，在案发当晚，曾听到藤本一郎家中有激烈的争吵声，似乎不止一个人。
“这么看来，这很可能是一起他杀案件，有人故意伪装成自杀的样子。”毛利小五郎推测道。
经过进一步调查，他们发现藤本一郎所在公司正在进行一项重大商业合作，而藤本一郎掌握着一些关键信息。公司的竞争对手为了获取这些信息，或者阻止合作进行，很可能有作案动机。
在调查藤本一郎的人际关系时，柯南注意到他的一位同事山本最近行为异常。山本与藤本一郎在工作上存在竞争关系，而且案发后，山本的一些举动也十分可疑，比如频繁删除手机通话记录。
警方对山本展开深入调查，发现他在案发当晚与一个神秘人有过联系，并且在那个时间段去过藤本一郎家附近。
随着证据逐渐确凿，警方锁定山本就是嫌疑人。在警方的审讯下，山本终于承认了罪行。原来，他为了在公司竞争中胜出，受竞争对手指使，杀害了藤本一郎，并伪造了自杀现场。他事先骗藤本一郎说有重要的商业机密要谈，进入他家后，趁其不备开枪将他打死，然后伪造了遗书，试图误导警方。
这起原本被判定为自杀的案件，在柯南和毛利小五郎的努力下，终于揭开了背后他杀的真相。藤本一郎的家人得知真相后，对他们表示了深深的感谢，而柯南和毛利小五郎也再次感受到作为侦探，追寻真相的重要性。
（追寻真相，真相只有一个，侦探就是这样的，加油）
