解决了九尾狐的离奇事件后，毛利小五郎、柯南、小兰和工藤悠子收到了一封来自中国南京的神秘信件。信中邀请他们前往一座古老的庄园，据说那里发生了一系列与“血色钟楼”相关的诡异命案，而寄信人自称是庄园的主人，恳请他们帮忙解开谜团。众人被信中的内容深深吸引，决定一同前往中国南京。
抵达南京后，他们在当地向导的带领下，来到了那座古老的庄园。庄园气势恢宏，却透着一股阴森的气息。庄园主人刘老爷早己在门口等候，他面容憔悴，眼神中充满了忧虑。
“几位可算是来了，这庄园里发生的事，实在是太可怕了。”刘老爷说道。
刘老爷向他们讲述了事情的经过。在庄园的后山，有一座废弃己久的血色钟楼。相传，这座钟楼曾经是为了镇压邪祟而建，但近年来，每到月圆之夜，钟楼便会传出诡异的钟声，随后庄园里就会有人离奇死亡，死状凄惨，身上都有一道奇怪的血印，如同被钟楼的邪灵所害。
毛利小五郎皱了皱眉头，说道：“刘老爷，您放心，我们一定会弄清楚是怎么回事。这世上哪有什么邪灵，肯定是有人在背后搞鬼。”
柯南和悠子点头表示认同，他们立刻开始对庄园进行调查。在庄园的书房里，柯南发现了一本陈旧的族谱，上面记载了庄园的历史以及关于血色钟楼的一些传闻。原来，在清朝末年，庄园的一位祖先为了争夺家产，杀害了自己的兄弟，随后便修建了这座血色钟楼。从那以后，庄园便开始流传着各种诡异的传说。
悠子则在钟楼附近发现了一些奇怪的脚印，这些脚印似乎是围绕着钟楼转圈留下的。“这些脚印很新鲜，说明最近有人来过这里。”悠子说道。
小兰在与庄园的仆人交谈中得知，最近庄园里来了一个神秘的陌生人，经常在夜里西处游荡。
“这个陌生人很可疑，我们得找到他。”柯南说道。
经过一番搜寻，他们在庄园的一间柴房里找到了那个神秘人。神秘人见到他们，想要逃跑，但被毛利小五郎一把抓住。
“你是谁？为什么在庄园里鬼鬼祟祟的？”毛利小五郎大声问道。
神秘人颤抖着说：“我……我叫张生，我听说这里有宝藏，所以想来碰碰运气。我看到钟楼夜里会发光，就想去看看，结果发现了一些奇怪的事。”
原来，张生在月圆之夜看到钟楼发出诡异的光芒，走近后发现钟楼的墙壁上出现了一些奇怪的符号。他正准备仔细查看时，突然听到了钟声，吓得他连忙跑开。
柯南和悠子来到钟楼，仔细研究那些符号。经过一番努力，他们发现这些符号是一种古老的密码，破解后指向了庄园的一个秘密地窖。
众人来到地窖，地窖里弥漫着一股刺鼻的气味。在地窖的尽头，他们发现了一具早己腐烂的尸体，尸体旁放着一本日记。日记的内容揭示了一个惊人的秘密：原来，刘老爷的一位远房亲戚为了独吞庄园的财产，利用血色钟楼的传说，在月圆之夜杀害了庄园里的人，并伪装成邪灵作祟的样子。
就在这时，刘老爷突然脸色一变，从身后拿出一把刀，指着众人说道：“你们不该发现这个秘密的，都去死吧！”
原来，刘老爷就是那个为了财产不择手段的远房亲戚。多年来，他一首隐藏在庄园，制造了一系列的命案。
毛利小五郎迅速反应过来，与刘老爷展开搏斗。在柯南和悠子的帮助下，刘老爷最终被制服。
随着刘老爷被警方带走，这起与中国血色钟楼相关的诡异命案终于真相大白。毛利小五郎一行人也结束了这次在中国的冒险，带着满满的回忆回到了日本。
