毛利小五郎、小兰、柯南以及工藤悠子结束了日本国内与西大名著相关的案件后，应中国警方的特别邀请，前往中国的一座江南水乡城市协助调查一起棘手的案件。这座城市风景秀丽，古街古巷交错纵横，但最近发生的一起裸女杀人事件，却给这座城市蒙上了一层恐怖的阴影。
抵达这座城市后，他们首接被带到了案发现场——一座古旧的江南庭院。死者是一名年轻女性，全身赤裸地倒在庭院的荷花池边，死状凄惨。她的身旁有一把沾染血迹的剪刀，周围的地面上有一些奇怪的符号，像是用鲜血画就。
工藤悠子和柯南仔细地勘查现场，柯南注意到死者的指甲有折断的痕迹，似乎生前曾与凶手有过激烈的挣扎。悠子则发现那些奇怪符号的绘制方式十分专业，不像是临时起意所为。
警方告诉他们，死者名叫林婉儿，是当地一位富商的女儿，平时为人低调，没有明显的仇人。而且，这起案件引起了当地居民的恐慌，因为传说在这座庭院的历史上，曾经发生过类似的裸女死亡事件，民间都传言这是冤魂作祟。
毛利小五郎摸着下巴，摆出一副侦探的架势说道：“依我看，这很可能是一起情杀案，说不定林婉儿有什么不为人知的感情纠葛。”
柯南却皱着眉头说：“毛利叔叔，目前证据还不足以下定论。从现场来看，凶手似乎在传达某种信息，那些符号也许是关键。”
工藤悠子点头表示同意：“而且，凶手为何要让死者全身赤裸，这背后肯定有特殊的原因。”
他们开始走访林婉儿的家人和朋友，了解到林婉儿最近一首在研究家族的历史，似乎发现了一些不为人知的秘密。据她的闺蜜透露，林婉儿曾提到过家族中隐藏着一份神秘的宝藏，与这座庭院的历史息息相关。
柯南和悠子立刻意识到，宝藏或许与案件有着紧密的联系。他们再次回到庭院，对每一个角落进行仔细搜寻。在庭院的一间旧书房里，柯南发现了一本布满灰尘的族谱，族谱中记载了家族在清朝时期的一些事迹。其中提到，当时家族中有一位女子因拒绝嫁给有权势的官员，被人在庭院中残忍杀害，死状与林婉儿极为相似。
“难道是有人为了复仇，按照当年的方式杀害了林婉儿？”小兰推测道。
就在这时，警方传来消息，他们在附近的树林里发现了一名形迹可疑的男子。毛利小五郎等人立刻赶到现场，这名男子见到他们后试图逃跑，但被警方迅速制服。
经过审讯，男子名叫陈风，是林婉儿的远房表亲。原来，他也得知了家族宝藏的传说，为了独吞宝藏，他利用林婉儿对家族历史的好奇，诱导她发现当年裸女被杀的故事，然后模仿当年的场景杀害了林婉儿，企图制造冤魂作祟的假象，转移警方的视线。而那些奇怪的符号，正是他在一本古籍中找到的，用来增加案件的神秘色彩。
真相大白后，这座江南水乡城市的阴霾终于散去。毛利小五郎一行人也感叹这起案件的错综复杂，带着对中国文化和案件的深刻记忆，准备踏上新的旅程。
