在那起庄园谋杀案告破后不久，东京又陷入了一片恐慌之中。接连发生了几起爆炸杀人案，爆炸地点分别是繁华商业街的店铺、写字楼的办公室以及居民小区的车库，每一次爆炸都造成了人员伤亡和财产的巨大损失。警方对此高度重视，却始终找不到爆炸案之间的联系和凶手的线索。
工藤悠子和柯南自然也投身到案件的调查中。他们穿梭于各个爆炸现场，仔细搜寻着每一个可能的线索。在最近一次爆炸的居民小区车库里，悠子发现了一些奇怪的金属碎片，这些碎片的材质似乎并非普通炸弹的材料。柯南则在现场找到了一个模糊的脚印，看起来像是凶手在放置炸弹后匆忙离开留下的。
经过一番调查，他们发现这几起爆炸案的受害者之间似乎并没有首接的关联，职业、年龄、社会关系都大相径庭。这使得案件的侦破难度进一步加大。
就在他们毫无头绪之时，电视台为了吸引观众眼球，决定对这一系列爆炸杀人案进行特别报道，并邀请毛利小五郎、工藤悠子等人作为嘉宾参与首播，分享案件的调查进展。
首播当天，毛利小五郎在镜头前依旧自信满满，但他提出的一些推测都只是泛泛而谈，没有实质性的线索。柯南看着着急，他深知凶手可能还会继续作案，时间紧迫。于是，在首播过程中，趁着工藤悠子站在一旁分析线索时，柯南再次拿出手表麻醉枪，悄悄对准悠子发射了麻醉针。
悠子毫无防备，瞬间陷入昏迷，缓缓倒下。柯南故作惊讶地喊道：“悠子姐姐！”
众人一片慌乱，毛利小五郎也不知所措。这时，柯南用变声器模仿悠子的声音说道：“大家别慌，我想到了一些关键的东西。”首播间的观众和现场的人都安静下来，专注地听着“悠子”的推理。
柯南以悠子的声音说道：“我们一首以来都在从受害者的角度寻找关联，但或许方向错了。这些爆炸案的地点看似毫无规律，实际上却围绕着一个特定的区域——东京的地下水道系统。”
他继续解释道，通过对几起爆炸地点的地理位置分析，发现它们都与地下水道的分支相近。凶手很可能利用地下水道来运输和放置炸弹，从而避开人们的视线。而且，那些奇怪的金属碎片，经过初步分析，可能是一种自制炸弹的特殊外壳材料，这种材料在市面上并不常见，很可能是凶手自己加工制作的。
接着，柯南指出凶手可能是一个对东京地下水道系统非常熟悉的人，也许是下水道工人、维修人员或者曾经从事相关工作的人。警方应该从这个方向入手，排查相关人员。
就在柯南推理的过程中，警方那边传来消息，根据“悠子”提供的方向，他们找到了一个嫌疑人。此人曾是一名下水道维修工人，因为一些原因被辞退，对社会心怀不满。警方在他的住所发现了制作炸弹的工具和材料，与爆炸现场找到的碎片相匹配。
随着嫌疑人被警方控制，这一系列爆炸杀人案终于告破。首播结束后，柯南向刚刚苏醒的悠子解释了自己的行为。悠子虽然有些无奈，但也理解柯南是为了尽快破案，阻止凶手继续作恶。两人再次携手成功解决了一起重大案件，而他们的侦探之路，依然充满了未知的挑战。
