最近，毛利侦探事务所迎来了一位不速之客。来访者是一位名叫藤川的中年男子，他神色焦虑，声称自己遭遇了死亡威胁，希望毛利小五郎能够保护他。小五郎向来正义感十足，便接下了这单委托，让藤川暂时住在事务所的客房。
夜幕降临，米花町被黑暗笼罩。毛利一家用过晚餐后，各自回房休息。大约凌晨两点，一声凄厉的惨叫打破了夜晚的宁静。柯南、毛利小五郎和毛利兰迅速从房间里冲了出来，发现惨叫声是从藤川所住的客房传来的。
小五郎猛地推开客房的门，屋内一片漆黑。他赶紧打开灯，眼前的景象让众人倒吸一口凉气。藤川倒在血泊之中，胸口插着一把匕首，己然没有了气息。房间窗户大开，凛冽的寒风灌了进来，吹得众人不禁打了个寒颤。
毛利兰惊恐地捂住嘴巴，小五郎则迅速镇定下来，说道：“小兰，快报警！柯南，你别乱跑，这里危险。”然而柯南己经开始仔细观察起现场。他发现窗户边缘有一些脚印，似乎是有人从外面翻窗而入。在尸体旁，有一张掉落的纸条，上面写着：“背叛者，这就是下场。”
很快，目暮警官带着警员们赶到了现场。经过初步勘查，警方推测凶手是从窗户潜入房间，趁藤川熟睡之时将其杀害。目暮警官皱着眉头对小五郎说：“毛利老弟，这案子发生在你这儿，看来你得给我们提供点线索啊。”
小五郎一脸严肃地点点头，说道：“目暮警官，藤川今天来找我，说他收到了死亡威胁，所以我才让他住在这里。没想到，还是没能保护好他。”
柯南在一旁补充道：“目暮警官，我在窗户边发现了脚印，凶手很可能是从这里逃走的。而且这张纸条，说不定和凶手的动机有关。”
警方开始对现场进行详细的搜证，采集脚印、指纹等线索。与此同时，柯南和小五郎也开始对藤川的背景展开调查。他们发现，藤川是一家大型企业的中层管理人员，近期公司正在进行一项重大的商业合作，而藤川在其中扮演着关键角色。
“难道是商业竞争对手所为？”小五郎摸着下巴推测道。
柯南却摇头说道：“叔叔，没这么简单。如果是商业竞争，一般不会选择在我们这里动手，太冒险了。我觉得应该从藤川身边的人查起。”
于是，他们找到了藤川的同事、朋友进行询问。在与藤川的一位好友交谈中，柯南得知藤川最近与公司的一位高层发生了激烈的争吵，似乎是因为藤川发现了这位高层在商业合作中有不正当的行为，威胁要揭发他。
难道这位高层就是凶手？正当柯南和小五郎准备深入调查这位高层时，又一条线索出现了。警方在对现场指纹进行比对后，发现其中一枚指纹竟然与藤川公司的一名普通员工山口相符。山口为何会出现在案发现场？他与藤川的死又有什么关系？这起发生在毛利一家身边的杀人案，究竟隐藏着怎样错综复杂的秘密？柯南和小五郎能否拨开重重迷雾，找出真正的凶手呢？
“你这个瘟神毛利小五郎！”藤川的家属在警局里情绪激动地冲着小五郎喊道，“要不是你接手这个委托，我丈夫怎么会平白无故死在你那里！”
小五郎满脸愧疚，低头不语。他心里也充满了自责，毕竟藤川是在他的眼皮子底下遇害的。
柯南在一旁思索着案件的种种细节，他觉得不能让小五郎就这样被误解，当务之急是尽快找出真凶。“小兰姐姐，你陪毛利叔叔在这里，我再去事务所的客房看看。”柯南说道。
回到事务所客房，柯南再次仔细勘查现场。他发现窗户下方的墙壁上有一道细微的划痕，像是被什么尖锐的东西刮过。顺着划痕的方向，柯南在角落里找到了一小片碎布，材质看起来很特别。
“这说不定是凶手逃跑时留下的。”柯南心想。
与此同时，小五郎在警局里强打起精神，开始向目暮警官阐述自己对案件的看法。“目暮警官，虽然山口的指纹出现在现场，但我觉得事情没那么简单。藤川和公司高层的矛盾很可能才是关键。山口只是个普通员工，他有什么理由杀害藤川呢？”
目暮警官点点头，说：“你说得有道理，我们不能仅凭一枚指纹就断定山口是凶手。不过，山口现在下落不明，我们得尽快找到他。”
柯南回到警局，将找到碎布的事情告诉了小五郎和目暮警官。“这块碎布的材质很特殊，或许可以从这方面入手调查。”柯南说道。
警方立刻人手安排对碎布进行分析鉴定。很快，结果出来了，这种布料是一家特殊定制服装厂生产的，主要供给一些高级会所的工作人员。
柯南和小五郎顺着这条线索，来到了这家高级会所。经过询问，他们得知山口的妹妹就在这家会所工作。
“难道山口是为了保护妹妹，所以才牵扯进这起案件？”小五郎推测道。
两人找到了山口妹妹工作的地方，却发现她也不见踪影。正当他们准备离开时，柯南注意到会所的一个隐蔽角落里，有一个人鬼鬼祟祟地看着他们。仔细一看，正是山口。
山口见被发现，转身就跑。小五郎和柯南在后面紧追不舍。终于，在一条小巷子里，他们堵住了山口。
“山口，你为什么要跑？你和藤川的死到底有什么关系？”小五郎大声问道。
山口满脸惊恐，颤抖着说：“我……我没有杀人，我那天晚上确实去了毛利侦探事务所，但我到的时候，藤川己经死了。我害怕被牵连，所以才跑的。”
柯南看着山口，严肃地问：“那你为什么会出现在那里？还有，你妹妹呢？”
山口犹豫了一下，缓缓说道：“我妹妹被人威胁了，对方让她偷取公司的机密文件给藤川，说这样就能放过她。我担心妹妹，那天晚上就想去警告藤川别伤害我妹妹，可当我翻窗进去，就看到他己经死了。我妹妹现在也不知道被他们带到哪里去了。”
柯南和小五郎对视一眼，觉得事情越来越复杂了。看来，真正的幕后黑手另有其人，而且还在暗中操控着一切。他们能否在山口的帮助下，揭开层层迷雾，找到真正的凶手，救出山口的妹妹呢？这起围绕毛利一家展开的杀人案，又会有着怎样意想不到的转折？
柯南和小五郎听了山口的讲述，意识到案件背后隐藏着更大的阴谋。就在此时，山口突然想起妹妹曾在匆忙间提到过一个名字——宫本一郎。据说这个人势力很大，似乎是整个事件的主谋。
“宫本一郎？我好像听说过这个名字，他是商界的一个狠角色，手段强硬，为达目的不择手段。”小五郎皱着眉头说道。
柯南的眼神瞬间锐利起来：“叔叔，看来这个宫本一郎嫌疑很大。他很可能因为藤川掌握了他商业犯罪的证据，所以先下手为强，还利用山口妹妹来扰乱视线。”
事不宜迟，柯南和小五郎立刻展开对宫本一郎的调查。他们发现宫本一郎近期正在策划一起大型的商业并购案，而藤川所在的公司正是他的目标之一。如果藤川将公司高层的不正当行为曝光，势必会影响宫本一郎的计划。
“这么看来，宫本一郎的杀人动机很充分。”小五郎握紧了拳头，“我们得尽快找到证据，揭露他的罪行。”
然而，宫本一郎行事谨慎，几乎没有留下任何明显的把柄。柯南和小五郎陷入了僵局。这时，柯南突然想到了藤川遇害当晚留在现场的那张纸条——“背叛者，这就是下场”。
“叔叔，这张纸条也许是个突破口。宫本一郎认为藤川背叛了他，所以才会留下这样的信息。也许他和藤川之间有过某种协议，而藤川后来反悔了。”柯南分析道。
他们再次找到藤川的家属，询问藤川近期是否有什么异常举动。藤川的妻子回忆说，藤川在遇害前几天曾收到一个神秘的包裹，但他看了里面的东西后，脸色变得十分难看，之后就一首心事重重。
“那个包裹现在在哪里？”柯南急切地问道。
藤川的妻子摇摇头：“我不知道，他看完后就把包裹藏起来了，我再也没见过。”
柯南和小五郎决定重新梳理藤川遇害当晚的时间线。他们发现，在山口进入房间之前，曾有一个神秘的身影在事务所附近出现过。通过调取周边的监控录像，他们发现这个身影竟然是宫本一郎的贴身保镖。
“看来宫本一郎就是幕后黑手无疑了，只要找到那个神秘包裹，就能掌握他的犯罪证据。”小五郎说道。
柯南和小五郎顺着线索继续追查，终于在藤川公司的一个秘密储物柜里找到了那个包裹。包裹里装的正是宫本一郎商业犯罪的证据，包括一些见不得人的交易合同和贿赂记录。
他们带着证据立刻找到了目暮警官。在确凿的证据面前，警方迅速出击，将宫本一郎及其犯罪团伙一网打尽。山口的妹妹也被成功解救出来。
“你这个瘟神毛利小五郎！”藤川的家属再次见到小五郎时，态度己经截然不同，“不，你是大英雄！要不是你和柯南，我们永远都不知道真相，也抓不到真正的凶手。”
小五郎挠挠头，不好意思地笑了：“这都是我们应该做的。而且这次多亏了柯南这小子，总能发现关键线索。”
经过这起案件，毛利侦探事务所的名声更加响亮了。柯南和小五郎也继续在米花町守护着正义，迎接新的挑战。
