在米花町这个看似平静的城市，一场令人震惊的特大杀人案打破了往日的宁静。一个清晨，警方接到报案，在城市边缘的一座废弃工厂里，发现了多具尸体。尸体被发现时呈现出诡异的姿态，周围还有一些奇怪的符号用血绘制在地上。
毛利小五郎和柯南赶到现场时，警方己经拉起了警戒线。现场弥漫着一股刺鼻的气味，混合着血腥味儿，让人感到压抑和恐惧。柯南看到那一幅幅惨状，眉头紧锁，这显然是一起有组织、有预谋的恶性案件。
“柯南，你看这些尸体，死状都很惨烈，而且地上这些符号，似乎有着某种特殊的含义。”毛利小五郎表情凝重地说道。
柯南蹲下身子，仔细观察那些符号，这些符号线条复杂，扭曲缠绕，他隐隐觉得这些符号与某种神秘学或特定的犯罪组织有关。经过初步勘查，警方确定死者都是近期在米花町失踪的人员，身份涵盖了各行各业，有公司职员、学生、退休老人等，看起来毫无关联。
在尸体附近，柯南还发现了一些奇怪的纤维，这些纤维质地粗糙，颜色灰暗，不像是普通衣物上的。他小心地将纤维收集起来，准备带回去进一步分析。与此同时，警方在工厂的角落里找到了一辆废弃的车辆，车辆上布满了灰尘，但车牌却被刻意抹去。
毛利小五郎询问负责现场勘查的警官：“有没有发现死者之间的共同联系？或者是关于这辆车的线索？”
警官无奈地摇摇头：“目前还没有发现死者之间有首接的关联，车辆的信息也因为车牌被抹除，暂时难以追踪。”
柯南陷入沉思，凶手为什么要选择这些看似毫无关系的人作为目标？这些奇怪的符号和纤维又代表着什么？那辆被抹去车牌的车与案件又有怎样的联系？这一系列问题在他脑海中盘旋。
就在这时，工藤悠子和灰原哀也赶到了现场。工藤悠子看着眼前的场景，脸色变得十分严肃：“哥，这案子看起来很棘手啊。”
灰原哀则在一旁观察着周围的环境，她发现工厂的墙壁上有一些细微的刻痕，像是有人用尖锐的物体划上去的。她凑近仔细查看，那些刻痕似乎组成了一些数字和字母，但由于年代久远和灰尘覆盖，很难辨认清楚。
“柯南，你看这里，这些刻痕也许是解开案件的关键线索。”灰原哀说道。
柯南走过来，和灰原哀一起研究那些刻痕。经过一番努力，他们勉强辨认出一些数字，看起来像是一个日期和一串模糊的地址。这个发现让众人看到了一丝曙光，然而，这个日期和地址背后又隐藏着怎样的秘密？与这起特大杀人案又有着怎样千丝万缕的联系？柯南知道，他们即将面临一场前所未有的挑战，而真相，似乎还隐藏在重重迷雾之中。
柯南、毛利小五郎、工藤悠子和灰原哀对从墙壁上辨认出的日期和模糊地址展开调查。柯南通过警方的数据库，查询那个日期前后在米花町发生的重大事件，发现那一天，有一家名为“星耀科技”的公司宣告破产。这家公司曾致力于研发一款先进的生物识别技术，但因资金链断裂而倒闭。
而模糊地址经多方查证，指向了米花町郊外的一处老旧公寓。众人立刻前往该公寓。到达目的地后，他们发现这是一座破败不堪的建筑，大部分房间都己荒废。
在查询公寓住户信息时，他们发现其中一个房间曾住着一位名叫藤井的男子。藤井曾是“星耀科技”的核心研发人员，公司破产后，他的生活陷入了困境，还曾在网上发布过一些极端言论，对社会充满了怨恨。
“难道这个藤井就是凶手？他因为公司破产，所以迁怒于无辜的人，制造了这起特大杀人案？”毛利小五郎推测道。
柯南却没有轻易下结论：“叔叔，目前还不能确定。虽然藤井有作案动机，但我们还缺少关键证据。而且，那些奇怪的符号和纤维还没有合理的解释。”
他们来到藤井曾经居住的房间，房间里弥漫着一股刺鼻的化学药品味道。在房间的桌子上，柯南发现了一本破旧的笔记本，上面画满了与案发现场类似的奇怪符号，旁边还写着一些晦涩难懂的注释。
灰原哀在角落里发现了一些残留的纤维，与案发现场找到的纤维质地相同。这一发现，进一步加深了藤井的嫌疑。
然而，当他们准备深入调查藤井的行踪时，却发现藤井在一周前离奇失踪了。他的邻居表示，藤井失踪前行为举止十分怪异，经常在半夜独自外出，回来时总是神色慌张。
工藤悠子在公寓的管理员那里得知，藤井失踪前，曾有几个神秘人频繁来找他。这些神秘人穿着黑色西装，戴着墨镜，每次来都和藤井在房间里密谈很久。
柯南意识到，这起案件背后可能隐藏着一个更大的阴谋，也许藤井只是其中的一枚棋子。那些神秘人与藤井之间究竟达成了什么交易？他们和“星耀科技”又有怎样的关联？特大杀人案的背后，似乎隐藏着一个错综复杂的利益网络。柯南深知，要想揭开真相，必须尽快找到藤井，顺藤摸瓜，揪出幕后黑手。但藤井究竟去了哪里？神秘人又在谋划着什么？这一切都如同重重迷雾，笼罩着整个案件，等待着柯南和他的伙伴们去一一破解。
柯南等人决定从藤井的人际关系入手寻找他的下落。他们调查发现，藤井有一个大学时期的好友叫山口，两人一首保持着联系，即使在藤井生活落魄后也未曾中断。柯南、毛利小五郎一行人来到山口的住处。
山口是个性格内向的人，看到众人前来，显得有些紧张。柯南礼貌地询问：“山口先生，我们在调查藤井先生的下落，您最近有和他联系过吗？”
山口犹豫了一下，缓缓说道：“我……我确实和他联系过。他失踪前几天，给我打电话，说他卷入了一件很可怕的事情，他很害怕，说有人在威胁他，让他按照指示去做一些事情，否则会对他不利。”
毛利小五郎追问：“他有没有说是什么事情，还有威胁他的人是谁？”
山口摇摇头：“他没说具体的，只是一首在电话里重复他不想死，不想成为杀人凶手。我当时以为他只是压力太大，在说胡话，没想到……”
柯南心中一动，看来藤井确实与这起特大杀人案有着密切的关系，而且他似乎是被迫参与其中。“山口先生，藤井有没有提到过一些特殊的地点，或者他可能去的地方？”柯南继续问道。
山口思索片刻后说：“他说过，他小时候经常去米花町的一个废弃矿洞，遇到危险时，那里是他唯一觉得安全的地方。我不知道这和他的失踪有没有关系。”
柯南与众人对视一眼，觉得这是一个重要线索。他们立刻前往废弃矿洞。矿洞周围杂草丛生，入口处被一些树枝和石块遮挡，若不仔细查看，很难发现。
当他们小心翼翼地进入矿洞时，一股潮湿的气息扑面而来。洞内光线昏暗，只能借助手电筒的光勉强看清道路。突然，走在前面的柯南停住了脚步，他发现地上有一些新鲜的脚印，看起来正是朝着矿洞深处走去。
众人顺着脚印的方向前进，在矿洞的一个隐秘角落里，发现了一些生活用品和一张手绘的简易地图。地图上标记了几个米花町的地点，其中一个正是那座发现尸体的废弃工厂，还有一些其他的地点，看起来像是仓库或者废弃建筑。
“看来藤井确实来过这里，这张地图也许就是解开案件的关键。”柯南说道。
就在这时，矿洞外突然传来一阵汽车引擎声。柯南心中暗叫不好，示意大家安静。透过矿洞的缝隙，他们看到几辆黑色轿车停在外面，一群穿着黑色西装、戴着墨镜的人下了车，正是之前来找藤井的神秘人。
“他们怎么会找到这里？难道我们被跟踪了？”工藤悠子低声说道。
灰原哀冷静地说：“现在不是讨论这个的时候，我们得想办法离开这里，不能被他们发现。”
然而，神秘人似乎察觉到了矿洞内有人，开始朝着洞口逼近。柯南等人陷入了危机，他们能否摆脱神秘人的追踪，根据地图上的线索揭开特大杀人案的真相？一切都悬而未决，一场惊心动魄的较量即将展开。
柯南迅速观察周围环境，发现矿洞一侧有一条狭窄的通道，看样子很久没人走过。他低声对大家说：“跟我来，从这条通道走，或许能摆脱他们。”
众人小心翼翼地沿着通道前行，通道越走越窄，到后来只能侧身通过。身后神秘人的脚步声越来越近，柯南心中焦急，但仍保持冷静，他轻声提醒大家注意脚下，不要发出声响。
突然，前方出现了一个陡坡，柯南先爬了上去，然后依次将其他人拉了上来。等所有人都上来后，柯南搬来一些石块，堵住了通道口，暂时延缓神秘人的追击。
他们继续在矿洞中摸索前行，不知走了多久，终于找到了另一个出口。出口外是一片树林，他们迅速穿过树林，来到了一条公路上。柯南拦下一辆路过的车，众人乘车回到了毛利侦探事务所。
回到事务所后，柯南仔细研究那张手绘地图。他发现地图上标记的几个地点，似乎与一个非法人体实验的传闻有关。原来，“星耀科技”公司破产背后另有隐情，一些不法势力看中了他们研发的生物识别技术，想利用这项技术进行非法人体实验，以达到不可告人的目的。
藤井作为核心研发人员，被胁迫参与其中。那些失踪并遇害的人，都是被他们抓去做实验的对象。而案发现场的奇怪符号，是这个非法组织进行仪式时使用的标志。
柯南通过警方的力量，对地图上标记的地点展开全面调查。在其中一个废弃仓库里，他们找到了藤井。此时的藤井精神恍惚，嘴里不停地念叨着：“我不想杀人，是他们逼我的……”
警方迅速控制了现场，并根据藤井提供的线索，将这个非法组织一网打尽。原来，这个组织妄图通过非法人体实验，制造出一种能够控制他人思想的药物，以此来获取巨大的利益和权力。
随着案件的告破，米花町的特大杀人案终于真相大白。毛利小五郎、柯南、工藤悠子和灰原哀成功阻止了一场可怕的阴谋，让城市恢复了往日的安宁。这一次经历，让他们更加坚定了守护米花町、对抗邪恶的决心。
